Cuộc xâm lăng của Pain là đòn tấn công nhắm vào làng Lá do thủ lĩnh Akatsuki, Pain, dẫn đầu. Mục đích của cuộc xâm lăng này là nhằm tìm kiếm Uzumaki Naruto, jinchuuriki của Cửu Vỹ.
Bối cảnh
Tobi, ân nhân của Pain, ra lệnh cho anh ta đi bắt Naruto. Khi Jiraiya xâm nhập vào làng Mưa, Pain buộc phải xử lý ông trước rồi mới theo bắt Naruto được. Dù giết được Jiraiya nhưng Pain mất vĩnh viễn một trong sáu cơ thể của mình và phải tìm người thay thế trước lúc tiến về làng Lá. Trong trận chiến với Jiraiya, Fukusaku kịp trốn thoát và mang theo mình thông tin về Pain.
Với thông tin Fukusaku cung cấp, cơ thể Jiraiya đã đánh bại, một tù nhân ông đã bắt và mật mã được ông khắc trên lưng Fukusaku trước khi chết đã giúp làng Lá thu thập chút thông tin sơ bộ về Pain. Trong khi một số shinobi làng Lá dành thời gian giải mật mã Jiraiya để lại, tất cả những người khác đều chuẩn bị cho cuộc tấn công của Pain. Các phương án phòng thủ được đề ra từ lần xâm lược của Orochimaru và làng Cát được dụng tới. Rất nhiều ninja làng Lá bị giữ trong nhà. Tuy nhiên, làng Lá vẫn tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ thường nhật của họ. Đội Guy, Hiashi và Hanabi đều không có mặt trong làng khi cuộc xâm lăng diễn ra.
Naruto biết Pain sẽ đến tìm mình nên quyết định sử dụng cho hiệu quả chút thời gian Jiraiya đã trao cho cậu. Cậu lên Núi Myouboku, ngôi nhà của những con cóc, để luyện tiên thuật và chuẩn bị cho cuộc chạm trán không thể tránh với Pain. Kousuke ở lại làng Lá để gửi tin cho Naruto khi Pain tới.
Tấn công
Pain và đồng đội của mình, Konan, dừng chân ở ngoại vi làng Lá và tiêu diệt toàn bộ quân trinh sát. Nhận thấy ngôi làng được kết giới dò tìm bao phủ, Pain gửi Súc sinh đạo (畜生道-Chikushoudou) một mình vào làng để lừa Đội kết giới là chỉ có một kẻ xâm lược. Sau khi thâm nhập vào làng, Súc sinh đạo triệu hồi Konan cùng năm cơ thể khác của Pain đến vị trí của nó. Tại đây, họ bắt đầu tản ra khắp làng.
Súc sinh đạo, Tu la đạo (修羅道-Shuradou), Ngạ quỷ đạo (餓鬼道-Gakidou) có nhiệm vụ đánh lạc hướng. Súc sinh đạo triệu hồi rất nhiều sinh vật với mục đích gây sự chú ý. Tu la đạo dùng vũ khí để làm loạn và phá hủy các tòa nhà trong làng. Ngạ quỷ đạo gây chiến với bất cứ ai nó gặp trên đường. Konan, Thiên đạo (天道-Tendou), Nhân gian đạo (人間道- Ningendou) và Địa ngục đạo (地獄道-Jigokudou) thì ra sức tìm Naruto. Nhân gian đạo đọc suy nghĩ của dân làng. Địa ngục đạo hỏi những người mình gặp rồi dùng năng lực bản thân kiểm tra xem họ có nói dối không. Konan và Thiên đạo dọa giết mọi người để tìm ra thứ họ mong muốn.
Trong lúc giai đoạn đầu của cuộc xâm lăng diễn ra, làng Lá huy động lực lượng với suy nghĩ chỉ có một kẻ xâm lược. Khi vỡ ra là có nhiều kẻ đang tấn công làng, họ đổi chiến thuật và tập trung vào những kẻ chịu trách nhiệm đánh lạc hướng. Dân thường và người bị thương bởi đòn phủ đầu tạm lánh ở bệnh viện làng Lá. Haruno Sakura vừa bảo vệ bệnh viện vừa cứu chữa những người bị thương. Tsunade, Hokage Đệ ngũ, lệnh cho Kousuke gọi Naruto trở về. Nhưng Danzou có kế hoạch riêng và ông ta đã giết Kousuke để ngăn không cho Naruto biết chuyện gì đang diễn ra. Từ mái nhà của Tòa tháp Hokage, Tsunade triệu hồi Katsuyu. Sau đó, bà chia nhỏ Katsuyu ra để tìm kiếm và bám vào dân làng với mục đích trông nom toàn ngôi làng từ xa.
Hatake Kakashi nhận ra kế hoạch của Pain và quyết định giao chiến với Thiên đạo. Tu la đạo liền đến trợ giúp đồng bọn. Tuy Kakashi đánh bại được Tu la đạo, anh lại không thể cùng lúc hạ Thiên đạo. Anh nhờ Akimichi Chouji, người đã chiến đấu cùng anh, mang thông tin về năng lực của Thiên đạo đến chỗ Tsunade trong lúc anh kéo dài thời gian. Khi Chouji thông báo những gì cậu biết cho Tsunade, thì Kakashi đã chết vì kiệt sức do sử dụng Mangekyou Sharingan quá mức để bảo vệ Chouji khỏi tên lửa của Tu la đạo.
Phía bên kia làng, Konan và những cơ thể còn lại của Pain bắt đầu thu hút sự chú ý của những người bảo vệ làng Lá. Sau đó Súc sinh đạo và Ngạ quỷ đạo đổi mục tiêu. Súc sinh đạo tấn công địa điểm mà tù nhân của Jiraiya đang bị giam giữ và cố tiêu diệt tất cả những ai có mặt ở đó. Ngạ quỷ đạo tìm thấy và hủy cái xác (cùng dụng cụ thu nhận chakra) Jiraiya đã bắt giữ. Thiên đạo dò ra vị trí của Tsunade và đã có cuộc trò chuyện với bà nhưng nhân vật này nhanh chóng bực mình vì những lời bà nói. Khi Nhân gian đạo bắt được Shizune, Pain phát hiện ra nơi Naruto đang ở.
Thiên đạo lệnh cho Konan và những cơ thể khác rút lui để mình dùng Thần la thiên chinh (神羅天征-Shinra Tensei) diện rộng phá hủy làng Lá và dạy cho Tsunade “nỗi đau thật sự”. Trong khoảnh khắc giữa lúc đòn hủy diệt diễn ra đến khi nó kết thúc, Tsunade đã dùng những phân thân còn lại của Katsuyu che chắn bệnh viện. Bà cũng dành chút chakra ít ỏi sót lại của bản thân để giữ cho dân làng được an toàn. Sau chiêu thức phá hoại này, những gì làng Lá còn giữ được chỉ là một cái hố khổng lồ, Tượng đài Hokage và đống hoang tàn cùng các cơ sở hạ tầng bị phá nát.
Phản công
Vào lúc đó, Shima đang ở gần làng Lá và nhận ra có chuyện gì đó không ổn. Cùng thời điểm sự hủy diệt diễn ra, bà triệu hồi Naruto, Gamabunta, Gamaken, Gamahiro, Gamakichi, và Fukasaku đến trung tâm làng. Khi khói bụi tan, Pain cùng sáu cơ thể của mình (Địa ngục đạo đã hồi phục Tu la đạo) tập trung lại để đối mặt với Naruto. Trước khi hai bên giao chiến, một Tsunade đang suy yếu đã giận dữ thề rằng Pain phải trả giá vì đã phá hủy làng Lá. Khi Tu la đạo tấn công Tsunade, Naruto nhanh chóng đánh bại nó chỉ với một đòn. Lúc phát hiện ra Kakashi đã chết, Naruto bảo dân làng không được tham chiến, vì sẽ rất khó khăn khi phải vừa chiến đấu vừa bảo vệ họ.
Trong lúc năng lực của Thiên đạo đang hồi phục sau đòn tấn công hủy diệt, Naruto dùng những chiêu tiên thuật mới học để đánh bại năm cơ thể kia. Trước khi cậu có thể đánh Thiên đạo, sức mạnh đã trở lại với nhân vật này. Anh ta xử lý những chú cóc đồng minh của Naruto rồi bắt giữ cậu bằng cách dùng lưỡi kiếm gây rối loạn chakra khiến cậu bất động. Hyuuga Hinata từ chối không tuân theo lệnh của Naruto và nhảy vào cứu cậu. Cô bị hạ gục và vào thời điểm ấy trông cô như đã chết. Trước đó, cô đã bày tỏ tình cảm với Naruto. Naruto trong cơn giận dữ đã dùng đến biến thân để vào trạng thái sáu đuôi.
Với sự biến thân này, Naruto nhường chỗ cho bản năng hoang dã của Cửu Vỹ để đổi lấy sức mạnh và sự phóng thích khỏi những lưỡi kiếm gây rối loạn chakra của Thiên đạo. Cậu dùng Bom vỹ thú đánh Pain nhưng anh ta chuyển hướng đòn tấn công, tạo ra một vụ nổ lớn nữa làm rung chuyển làng Lá. Vì cần có thêm chakra để đối đầu với hình dạng mới của Naruto, Pain di chuyển đến một vị trí gần với Konan và Nagato (cơ thể thật sự của Pain) hơn. Naruto đuổi theo anh ta, tạo cơ hội cho làng Lá tập hợp lại và cứu chữa người bị thương. Sau khi đến đủ gần Nagato, Thiên đạo triển khai Địa bộc thiên tinh (地爆天星-Chibaku Tensei) và suýt nữa đã giam được Naruto trong một quả cầu đất khổng lồ, bay lơ lửng. Việc này lại thúc đẩy cậu dùng trạng thái tám đuôi để giải phóng bản thân khỏi sự kiềm hãm.
Sau khi lang thang trong tâm trí của chính mình và phóng thích Cửu Vỹ, Naruto thoát khỏi dạng biến thân để chuẩn bị đối đầu với Thiên đạo một lần nữa. Khi biết năng lực của đối phương cần năm giây mới nạp lại được, cậu áp dụng một loạt kế hoạch dự phòng đã được tính toán chi tiết. Cuối cùng, Naruto cũng đánh bại được Thiên đạo bằng một chiêu Rasengan (螺旋丸-La toàn hoàn) tống vào ngực đối phương. Sau khi chiến thắng, cậu đi gặp Nagato. Nagato ngờ vực và trách mắng Naruto vì đã cản trở kế hoạch vì hòa bình của mình, dù anh ta cũng chẳng có một phương án dự phòng nào khác. Khi nghe câu chuyện của Nagato và nhận ra nỗi thù hận đã sản sinh ra Pain, cậu quyết định tin vào lời dạy của thầy họ, Jiraiya, và không giết Nagato nữa. Về phía Nagato, anh ta tin rằng Naruto sẽ tìm thấy hòa bình nên hy sinh chính bản thân mình để hồi sinh toàn bộ những người đã chết trong cuộc xâm lăng.
Kết quả
Với việc dân làng sống lại nhờ thuật của Nagato thì Konan đã mất đi người cuối cùng cô quan tâm. Vì vậy, cô quyết định rời Akatsuki. Cô cũng hứa rằng làng Mưa sẽ trợ giúp Naruto thực hiện ước mơ hòa bình của cậu và Nagato. Dù lực lượng ninja của làng đã được hồi sinh, làng Lá chỉ còn là đống đổ nát. Sau khi sử dụng toàn bộ chakra để bảo vệ làng, Tsunade rơi vào cơn hôn mê. Mặt khác, Naruto được thừa nhận là anh hùng bởi những dân làng trước đó đã đối xử tệ bạc với
Cuộc họp giữa Lãnh chúa Hỏa Quốc và Hội đồng làng Lá
cậu. Naruto cũng biết được vài điều về thân thế của mình cùng với nỗi đau của sự mất mát mà Sasuke từng đề cập. Những điều này khiến cậu càng quyết tâm đi tìm hòa bình.
Sau cuộc xâm lăng này, Lãnh chúa Hỏa Quốc và những người đứng đầu làng Lá cùng mở một cuộc họp. Tại đây, Lãnh chúa Hỏa Quốc đã chỉ định Danzou tạm đảm nhiệm chức Hokage Đệ lục cho đến khi một cuộc bỏ phiếu kín có thể diễn ra. Việc đầu tiên ông ta làm khi lên vị trí lãnh đạo làng là tuyên bố Uchiha Sasuke là một nuke-nin (抜け忍-ninja bỏ làng) và cậu phải bị loại trừ ngay. Đúng lúc đó, một phái đoàn từ làng Mây đến và yêu cầu được cung cấp mọi thông tin liên quan đến Uchiha Sasuke. Cũng trong thời gian này, con chim đưa tin từ làng Mây mang tới lời mời tham dự Hội nghị Ngũ đại Kage.
